Il corso mostrerà la rilevanza della chemioinformatica nella ricerca chimica. Nonostante i metodi chemioinformatici siano applicati prevalentemente in campo chimico-farmaceutico, lo studente sarà sensibilizzato sulla possibilità di applicare tali metodologie a svariati campi della chimica. Questo corso ha anche quale obiettivo quello di fornire agli studenti le basi relative all'applicazione della chimica organica fisica alla progettazione di farmaci. In particolare, si discuteranno le principali proprietà chimico-fisiche e ADME che definiscono le proprietà di un farmaco o di un candidato farmaco, con l'obiettivo di saperle modulare attraverso la modifica della struttura chimica dei composti organici in esame. In riferimento ai Descrittori di Dublino, questo corso si pone l’obbiettivo di trasferire allo studente le seguenti competenze trasversali: Conoscenza e capacità di comprensione:
Capacità di applicare conoscenza:
Autonomia di giudizio:
Abilità comunicative:
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L'insegnamento si svolgerà tramite la trattazione dei vari argomenti riportati in programma (3 CFU) e prevederà delle giornate dedicate ai chiarimenti dei dubbi e alla simulazione dell'esame orale da sostenere.
Al fine di comprendere ed applicare i concetti e le tecniche oggetto del corso, è necessario avere conoscenze di chimica organica e di chimica analitica di base.
Fortemente consigliata seppur non obbligatoria per sostenere l’esame
Concetti di chemiometria
Rappresentazione molecolare (grafi, fingerprint, MIF) e minimizzazione
molecolare.
Descrittori molecolari avanzate. QSAR e 3D-QSAR.
Descrittori molecolari circolari: il metodo Moka.
Descrittori molecolari 3D: il metodo VolSurf.
Applicazioni del metodo VolSurf nel campo dell'ADME
Metodi di calcolo di bitstrings e fingerprints. Metodi di calcolo similarità molecolare.
Il metodo Flap per il calcolo della similarità molecolare.
Il metodo Flap per il calcolo dell'affinità con macromolecole.
Metodi computazionali per la predizione del metabolismo. Il metodo MetaSite. Esercitazioni al computer
Argomenti | Riferimenti testi | |
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1 | Concetti chemiometria | appunti |
2 | Moka | appunti |
3 | GRID | appunti |
4 | Volsurf | appunti |
5 | Fingerprint | appunti |
6 | FLAP | appunti |
7 | Metasite | appunti |
Esame orale e valutazione del progetto
Gli argomenti trattati sono tutti egualmente importanti. Non ci sono domande preferenziali. Si ripete il progetto con FLAP e Volsurf