9796072 - PRINCIPI DI BIOINFORMATICA 5
Modulo PRINCIPI DI BIOINFORMATICA
Risultati di apprendimento attesi
Lo scopo di questo corso è quello di costruire una conoscenza teorica introduttiva dei software di bioinformatica, delle loro caratteristiche e limitazioni e di dare agli studenti la capacità di utilizzare gli strumenti più popolari disponibili sul web.
Inoltre durante il corso saranno forniti ai discenti gli elementi di programmazioni in Python ed R.
Python ed R sono linguaggi di programmazione molto potenti e rappresentano un ottimo trade-off tra semplicità ed efficienza.
Gli studenti acquisiranno capacità di utilizzare, modificare e sviluppare applicazioni scritte con un linguaggio di programmazione ad alto livello, finalizzate ad applicazioni in campo bioinformatico.
In particolare il corso ha come obiettivo di far acquisire agli studenti:
• Conoscenze di base sui linguaggi di programmazione ad alto livello
• Capacità di sviluppare semplici programmi secondo il paradigma di programmazione imperativo e object oriented
• Capacità di modificare ed applicare in nuovi contesti programmi e librerie software esistenti
• Capacità di utilizzare librerie software per problemi rilevanti in ambito bioinformatico
Modalità di svolgimento dell'insegnamento
Le lezioni saranno costituite da presentazioni PowerPoint. Saranno anche eseguiti esercizi e dimostrazioni on-line con i più popolari siti web di bioinformatica. Nelle esercitazioni gli studenti saranno chiamati a svolgere semplici esercizi sugli argomenti trattati.
Prerequisiti richiesti
Sarebbe utile una conoscenza almeno a livello liceale dei principali temi di base della biologia molecolare e dell'informatica
Frequenza lezioni
La frequenza ritenuta obbligatoria per il corso di studio.
Contenuti del corso
* Introduzione ai linguaggi di programmazione ad alto livello, con speciale riferimento alla bioinformatica
* Algortimi, diagrammi di flusso
* Paridigmi di programmazione: imperativo e object oriented
* Python ed R: introduzione e concetti fondamentali
* Uso di librerie in ambiente R e Python per la bioinformatica
- Medline e i più popolari siti web e database bibliografici per informazioni bibliografiche in Biologia
- Banche dati biologiche: banche dati di acidi nucleici e proteine, banche dati specializzate - presentazione di nuovi dati - recupero di banche dati di sequenze
- Allineamento di sequenze - calcolo dell'allineamento di due sequenze - significato degli allineamenti - FASTA e BLAST, programmi di allineamento per lo screening di database di sequenze
- Allineamento multiplo di sequenze - Clustal W
- Ricerca di motivi e strutture conservate tramite analisi comparativa
- Filogenesi - alberi filogenetici - orologio molecolare
Testi di riferimento
Stefano Pascarella, Alessandro Paiardini. Bioinformatica Dalla sequenza alla struttura delle proteine. Zanichelli 2011
Manuela Helmer Citterich, Fabrizio Ferrè, Giulio Pavesi, Graziano Pesole, Chiara Romualdi. Fondamenti di bioinformatica. Zanichelli 2018
Programmazione del corso
| Argomenti | Riferimenti testi | |
|---|---|---|
| 1 | Bioinformatica molecolare | Stefano Pascarella, Alessandro Paiardini. Bioinformatica Dalla sequenza alla struttura delle proteine. Zanichelli 2011 |
Verifica dell'apprendimento
Modalità di verifica dell'apprendimento
Colloquio orale integrato con esercizi scritti
Informazioni per studenti con disabilità e/o DSA
A garanzia di pari opportunità e nel rispetto delle leggi vigenti, gli studenti interessati possono chiedere un colloquio personale in modo da programmare eventuali misure compensative e/o dispensative, in base agli obiettivi didattici ed alle specifiche esigenze. E' possibile rivolgersi anche al referente CInAP (Centro per l’integrazione Attiva e Partecipata - Servizi per le Disabilità e/o i DSA) del Dipartimento di Scienze Biomediche e Biotecnologiche.
Esempi di domande e/o esercizi frequenti
Che cosa sono le banche dati biologiche primarie e come vengono costruite?
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