SCIENZE OMICHE IN MICROBIOLOGIA

BIO/19 - 6 CFU - 2° semestre

Docente titolare dell'insegnamento

VIVIANA CAFISO
Email: v.cafiso@unict.it
Edificio / Indirizzo: via Santa Sofia 97
Telefono: 095 4781245
Orario ricevimento: venerdi 11:00 -12:00


Obiettivi formativi

Fornire gli elementi di base per l'analisi di dati omici ottenuti mediante sequenziamento High-throughput e proteomica in ambito microbiologico.


Modalità di svolgimento dell'insegnamento

Lezioni Frontali, Seminari, Laboratorio


Prerequisiti richiesti

Conoscenze di Microbiologia



Frequenza lezioni

Obbligatoria



Contenuti del corso

Analisi di dati derivanti da sequenziamento High-throughtput e proteomici in ambito microbiologico.



Testi di riferimento

Articoli Scientifici


Altro materiale didattico

Il materiale didattico viene fornito dal docente ma non pubblicato



Programmazione del corso

 ArgomentiRiferimenti testi
1Genomica Batterica:Metodi di sequenziamento NGS, formati di file. De-multiplexing, Sequence quality control (FastQC), Read trimming. Strategie e software per read mapping, de novo assembly, samtools, Re-sequencing e variant calling da file bam. Strategie e software per gene prediction and Genome annotation di genomi batterici. Materiale fornito dal docente 
2Genomica Batterica: Strumenti web per l'analisi dei genomi batterici, identificazione, studio del viruloma del resistoma in termini di ''acquired'' genes e SNPs. Ricerca e validazione di specifici SNPs mediante High Resolution Meelting. In silico determinazione di MLST, genomic epidemiology ed analisi filogenetiche mediante analisi di whole genome SNPs e core SNPs. Materiale fornito dal docente 
3Analisi di RNAomi e trascrittomi batterici da RNA-seq data, read trimming, de-novo transcript assembly, reference genome transcripts assembly, normalizzazione di dati ottenuti da esperimenti diversi, analisi di geni differenzialmente espressi e small non coding RNA, determinazione di operoni mediante tools dedicati ai trascrittomi batterici. Tools per analisi di Enrichment. Analisi statistica dei dati ottenuti mediante EdgeR o software opportuni. Analisi di validazione dei dati mediante real time qPCR. VisuMateriale fornito dal docente 
4Gene Ontology: KEGG database, Go-consortium tools, analisi di "functional protein association networks" mediante STRING Consortium Tool.Materiale fornito dal docente 
5Microbiomi: Analisi di Targeted Amplicon-Based Next Generation Sequencing delle 16S rDNA and ITS per lo studio dei Microbiomi batterici mediante la generazione di OTU, analisi descrittiva (alpha-diversity and beta-diversity) ed analisi statistica dei microbiomi (QIIME).Materiale fornito dal docente 
6Proteoma batterico: spaziale, temporale ed ambientale. Strumenti per lo studio del proteoma (Elettroforesi bidimensionale (2-DE): IEF Separazione per pI (punto isoelettrico), SDS-PAGE (separazione per massa molecolare), Analisi di immagine (scanner), Spettrometria di massa (MALDI-TOF; ESI), Rapporti carica/massa, database Proteici: EMBL, GenBank, SWISS-PROT.Materiale fornito dal docente 
7Metagenomica e Metatrascrittomica: Cenni su analisi di base.Materiale fornito dal docente 


Verifica dell'apprendimento


MODALITÀ DI VERIFICA DELL'APPRENDIMENTO

ESAME ORALE


ESEMPI DI DOMANDE E/O ESERCIZI FREQUENTI

Metodi di studio dei genomi e trascrittomi batterici




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