SCIENZE OMICHE IN MICROBIOLOGIA

BIO/19 - 6 CFU - 2° semestre

Docente titolare dell'insegnamento

VIVIANA CAFISO

Obiettivi formativi

Fornire gli elementi di base per l'analisi di dati omici ottenuti mediante sequenziamento High-throughput e proteomica in ambito microbiologico.

Modalità di svolgimento dell'insegnamento

Lezioni Frontali, Seminari, Laboratorio

Prerequisiti richiesti

Conoscenze di Microbiologia

Frequenza lezioni

Obbligatoria

Contenuti del corso

Analisi di dati derivanti da sequenziamento High-throughtput e proteomici in ambito microbiologico.

Testi di riferimento

Articoli Scientifici

Altro materiale didattico

Il materiale didattico viene fornito dal docente ma non pubblicato

Programmazione del corso

	Argomenti	Riferimenti testi
1	Genomica Batterica:Metodi di sequenziamento NGS, formati di file. De-multiplexing, Sequence quality control (FastQC), Read trimming. Strategie e software per read mapping, de novo assembly, samtools, Re-sequencing e variant calling da file bam. Strategie e software per gene prediction and Genome annotation di genomi batterici.	Materiale fornito dal docente
2	Genomica Batterica: Strumenti web per l'analisi dei genomi batterici, identificazione, studio del viruloma del resistoma in termini di ''acquired'' genes e SNPs. Ricerca e validazione di specifici SNPs mediante High Resolution Meelting. In silico determinazione di MLST, genomic epidemiology ed analisi filogenetiche mediante analisi di whole genome SNPs e core SNPs.	Materiale fornito dal docente
3	Analisi di RNAomi e trascrittomi batterici da RNA-seq data, read trimming, de-novo transcript assembly, reference genome transcripts assembly, normalizzazione di dati ottenuti da esperimenti diversi, analisi di geni differenzialmente espressi e small non coding RNA, determinazione di operoni mediante tools dedicati ai trascrittomi batterici. Tools per analisi di Enrichment. Analisi statistica dei dati ottenuti mediante EdgeR o software opportuni. Analisi di validazione dei dati mediante real time qPCR. Visu	Materiale fornito dal docente
4	Gene Ontology: KEGG database, Go-consortium tools, analisi di "functional protein association networks" mediante STRING Consortium Tool.	Materiale fornito dal docente
5	Microbiomi: Analisi di Targeted Amplicon-Based Next Generation Sequencing delle 16S rDNA and ITS per lo studio dei Microbiomi batterici mediante la generazione di OTU, analisi descrittiva (alpha-diversity and beta-diversity) ed analisi statistica dei microbiomi (QIIME).	Materiale fornito dal docente
6	Proteoma batterico: spaziale, temporale ed ambientale. Strumenti per lo studio del proteoma (Elettroforesi bidimensionale (2-DE): IEF Separazione per pI (punto isoelettrico), SDS-PAGE (separazione per massa molecolare), Analisi di immagine (scanner), Spettrometria di massa (MALDI-TOF; ESI), Rapporti carica/massa, database Proteici: EMBL, GenBank, SWISS-PROT.	Materiale fornito dal docente
7	Metagenomica e Metatrascrittomica: Cenni su analisi di base.	Materiale fornito dal docente

Verifica dell'apprendimento

MODALITÀ DI VERIFICA DELL'APPRENDIMENTO

ESAME ORALE

ESEMPI DI DOMANDE E/O ESERCIZI FREQUENTI

Metodi di studio dei genomi e trascrittomi batterici

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