MICROBIOLOGIA E MICROBIOLOGIA CLINICA - III ANNO

Analizzare criticamente e descrivere, per ogni “specie microbica”: le vie di penetrazione nell’organismo, la diffusione differenziata nell’ospite infetto, la presenza di antigeni nei vari distretti dell’organismo (sangue, secreti, escreti) ai fini del “contagio” e della diagnosi di laboratorio. Monitorare l’epidemiologia delle malattie infettive (microbiologia di sanità pubblica). Descrivere le principali procedure diagnostiche in microbiologia

Lezioni frontali. Qualora l'insegnamento venisse impartito in modalità mista o a distanza potranno essere introdotte le necessarie variazioni rispetto a quanto dichiarato in precedenza, al fine di rispettare il programma previsto e riportato nel syllabus.

Conoscenze di base della microbiologia generale.

Obbligatoria

1. Il laboratorio di Microbiologia Clinica e le principali procedure diagnostiche in microbiologia
   1. La gestione del laboratorio
   2. Fase preanalitica
   3. Fase analitica
   4. Le principali procedure diagnostiche in microbiologia
      1. Tecniche colturali
         1. Batteri
         2. Virus
         3. Funghi
      2. Tecniche coltura indipendente
         1. Tecniche istologiche
         2. Tecniche molecolari
            1. Amplificazione del bersaglio
            2. Amplificazione delle “sonde”
            3. Amplificazione del segnale
            4. Ibridazione
            5. Sistemi di sequenziamento
            6. L’applicazione dell’omica nella microbiologia clinica
               1. Microbiomica
               2. Metagenomica
               3. Metabolomica
               4. Altre scienze “omiche”
            7. Tecniche di proteomica (MALDI-TOF etc.)
            8. Tecniche cromatografiche
            9. Altre metodologie
      3. Tecniche sierologiche
         1. Immunofluorescenza
         2. Immunoenzimatica
         3. Sistemi immunocromatografici
   5. Il controllo di qualità nel laboratorio di microbiologia clinica
      1. Procedure ISO e UNI EN
   6. Modelli diagnostici applicati alle infezioni di organi ed apparati
2. Le vie di penetrazione nell’organismo, la diffusione differenziata nell’ospite infetto, la presenza di antigeni nei vari distretti dell’organismo (sangue, secreti, escreti) ai fini del “contagio” e della diagnosi di laboratorio dei
   1. Principali batteri patogeni per l’uomo
      1. Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Neisseria, Branhamella, Mycobacterium, Streptomyces, Nocardia, Actinomyces, Corynebacterium, Lactobacillus, Bartonella, Listeria, Gardnerella, Bacillus, Clostridium, Enterobacteriaceae, Haemophilus, Pasteurella, Vibrio, Legionella, Brucella, Bordetella, Acinetobacter, Pseudomonas, Bacteroides, Campylobacter, Helicobacter, Mycoplasma, Ureaplasma, Chlamydiaceae, Rickettsiales, Spirochetales
   2. Principali virus responsabili di infezioni nell’uomo
      1. Poxviridae, Herpesviridae, Adenoviridae, Papillomaviridae, Polyomaviridae (umani), Parvoviridae, Paramyxoviridae, Pneumoviridae, Orthomyxoviridae, Picornaviridae, Arenaviridae, Peribunyaviridae, Hantaviridae, Nairoviridae, Caliciviridae, Coronaviridae, Filoviridae, Flaviridae, Reoviridae, Retroviridae (solo umani), Togaviridae, Matonaviridae (Rubivirus), Rhabdoviridae (Rabies lyssavirus), virus delle epatiti (HAV, HBV, HCV, HDV, HEV, HGV).
   3. Principali miceti responsabili di infezioni nell’uomo
      1. Patogeni primari dimorfi responsabili di micosi profonde:
         1. Histoplasma capsulatum var. capsulatum, Histoplasma capsulatum var. duboisii, Blastomyces dermatitidis,Coccidioides immits , Paracoccidioides brasiliensis,
      2. Patogeni opportunistici dimorfici responsabili di micosi profonde:
         1. Talaromyces marneffei
      3. Micosi superficiali:
         1. Aspergillus spp., Rhizopus spp., Scopulariopsis spp., Mucor spp., Penicillium spp, Malassezia furfur, Exophiala werneckii, Trichosporon beigelii, Piedraia hortae, Candida spp.
      4. Micosi cutanee.
         1. Dermatofitosi:
            1. Microsporum spp.., Trichophyton spp . , Epidermophyton spp..
         2. Dermatomicosi:
            1. Hendersonula toruloidea, Scytalidium hyalium (Natrassia spp.), Scopulariopsis brevicaulis.
      5. Micosi sottocutanee (cenni).
         1. SporotricosI: Sporothrix spp.
         2. Cromoblastomicosi: Fonsecaea, Phialophora, Cladophialophora.
         3. Feoifomicosi: Cladophialophora spp, Exophiala spp, Bipolaris spp, Exserohilum spp.
         4. Micetoma micotico: Scedosporium spp, Madurella spp, Trematosphaeria spp, Acremonium spp, Exophiala spp.
         5. Entomoftoromicosi: Basidiobolus ranarum, Conidiobolus coronatus.
         6. Mucormicosi: Rhizopus spp, Mucor spp, Rhizomucor spp, Lichtheimia spp, Saksenaea spp. Lobomicosi: Loboa loboi. Rinosporidiosi: Rhinosporidium seeberi.
      6. Micosi sistemiche da funghi opportunisti:
         1. Candidiasi: Candida spp, Debaryomyces spp, Kluyveromyces spp, Meyerozyma spp, Pichia spp.. Criptococcosi: Cryptococcus spp, C. neoformans/C. gattii.
         2. Aspergillosi: Aspergillus fumigatus complex, A. flavus, complex, A. terreus complex. Scedosporiosi (cenni): Scedosporium spp., Lomentospora spp.
         3. Mucormicosi: Rhizopus spp, Mucor spp, Rhizomucor spp, Lichtheimia spp.
         4. Ialoifomicosi: Penicillium spp, Paecilomyces spp, Beauveria spp, Fusarium spp., Scopulariopsis spp.
         5. Feoifomicosi (cenni): Cladophialophora spp, Exophiala spp, Bipolaris spp, Exserohilum spp
      7. Cenni su Microsporidiosi e Pneumocystis spp
3. Microbiologia di sanità pubblica
   1. L'epidemiologia delle malattie infettive
   2. Concetti generali
   3. Terminologia epidemiologica
   4. Indici di frequenza
   5. Riconoscimento di una malattia infettiva all'interno di una popolazione
   6. Riconoscimento di un'epidemia
   7. Il ciclo infettivo: storia di una malattia
   8. Portatori e serbatoi
   9. La sorveglianza sanitaria e i ruolo del Microbiologo clinico
4. Nuove frontiere della Microbiologia clinica: gli aspetti medico legali della microbiologia clinica e la microbiologia forense
   1. Aspetti medico-legali degli esami di laboratorio
   2. Le infezioni e tossinfezioni alimentari e il mancato rispetto delle procedure di autocontrollo
   3. Microbiologia clinica e virologia nel contesto dell'autopsia
   4. Implicazioni medico-legali in tema di infezioni ospedaliere
   5. Bioterrorismo e Biocontenimento
   6. Il decreto legislativo 81/2008 e sue modifche: aspetti microbiologici del biocontenimento e l’organizzazione del laboratorio di Microbiologia Clinica

Topley & Wilsons' su: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/book/10.1002/9780470688 (il link funziona esclusivamente dentro la rete dell'Ateneo di Catania)

Koneman's - Color Atlas and textbook of Diagnostic Microbiology 7ed. Wolters Kluver - International Edition ISBN-13: 978-1-4511-8935-3

MODALITÀ DI VERIFICA DELL'APPRENDIMENTO

Prenotazione dell’esame e richiesta di prolungamento

La prenotazione deve avvenire entro le 24 dell’ultimo giorno indicato nel sito studenti. In genere non sono concessi prolungamenti, se non richiesti alla prenotazione e comunque non oltre 5 giorni dall’apertura dell’appello. Il prolungamento oltre i 5 giorni è concesso esclusivamente per contemporaneità di altro esame (dopo verifica opportuna), per malattia o per grave impedimento.

Svolgimento dell’esame e mancato superamento dell'esame

L’esame consta di più domande che riguarderanno a caso i moduli del programma. Lo studente che non supera l’esame potrà presentarsi all’appello successivo

La verifica dell’apprendimento potrà essere effettuata anche per via telematica, qualora le condizioni lo dovessero richiedere.

Non ci sono esempi di domande più frequenti