PROGETTAZIONE MOLECOLARE E RELAZIONI STRUTTURA PROPRIETA'

CHIM/06 - 6 CFU - 2° semestre

Docente titolare dell'insegnamento

GIUSEPPE TRUSSO SFRAZZETTO

Obiettivi formativi

Obiettivo del corso è la selezione“intelligente” di nuove strutture da sintetizzare utilizzando le potenzialità della chemioinformatica nella progettazione molecolare

Prerequisiti richiesti

Conoscenze di base di chimica organica e statistica multivariata

Frequenza lezioni

Obbligatoria

Contenuti del corso

Rappresentazione delle strutture molecolari e creazione di databases strutturali. La meccanica molecolare. La dinamica molecolare. Le cariche negli atomi e nelle molecole. Descrittori molecolari. Metodologie multivariate per lo studio delle relazioni quantitative fra struttura molecolare e proprietà macroscopiche (QSPR) o attività biologica (QSAR).

QSAR. Il docking molecolare. Il metodo GRID. Due importanti descrittori molecolari: pKa, log P.

Progettazione di architetture supramolecolari:dalle molecole alle "supramolecole" mediante self-assembly ordinato.

Testi di riferimento

appunti dalle lezioni

Altro materiale didattico

Il materiale didattico sarà caricato dopo ogni lezione sul portale STUDIUM, nella pagina relativa alla materia

Programmazione del corso

	*	Argomenti	Riferimenti testi
1	*	Coordinate spaziali, matrice Z, superfici di energia potenziale
2	*	Meccanica Molecolare, Force Fields, Minimizzazione energetica
3	*	Dinamica Molecolare, Cenni sui metodi Ab-Initio e Semiempirici
4		Utilizzo di software per progettazione molecolare
5		GRID, ALMOND
6	*	Descrittori molecolari: pKa e logP
7	*	Progettazione Supramolecolare: il legame ad idrogeno

* Conoscenze minime irrinunciabili per il superamento dell'esame.

N.B. La conoscenza degli argomenti contrassegnati con l'asterisco è condizione necessaria ma non sufficiente per il superamento dell'esame. Rispondere in maniera sufficiente o anche più che sufficiente alle domande su tali argomenti non assicura, pertanto, il superamento dell'esame.

Verifica dell'apprendimento

MODALITÀ DI VERIFICA DELL'APPRENDIMENTO

Colloquio orale sugli argomenti svolti durante il corso e breve relazione su articolo scientifico inerente la materia

PROVE IN ITINERE

non previste

PROVE DI FINE CORSO

non previste

ESEMPI DI DOMANDE E/O ESERCIZI FREQUENTI

1. simulare la matrice z del benzene

2. differenze tra metodi ab-initio e semiempirici

3. elencare i principali Force Fields di dinamica molecolare

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