METODOLOGIE BIOMOLECOLARI

AGR/07 - 8 CFU - 1° semestre

Docente titolare dell'insegnamento

ANGELA ROBERTA LO PIERO


Obiettivi formativi

Fornire agli studenti conoscenze teoriche e pratiche delle principali tecniche utilizzate per l’analisi della struttura e la funzione delle biomolecole, dando particolare rilievo alle metodologie che hanno condotto allo sviluppo di nuove discipline come la genomica, la transcrittomica e la proteomica.


Prerequisiti richiesti

Conoscenze di base di Chimica generale, Chimica organica, Biochimica e Genetica agraria



Frequenza lezioni

Fortemente consigliata



Contenuti del corso

La manipolazione degli acidi nucleici. Southern e Northern blots. Marcatori molecolari ed analisi genomica. PCR qualitativa e quantitativa. Tecniche e vettori di clonaggio. La trasformazione genetica dei procarioti e degli eucarioti. Preparazione e analisi di genoteche. La tecnologia del DNA microarray e Ibridizzazione sottrattiva. RNAseq. Metodi di sequenziamento degli acidi nucleici. Vettori di espressione e proteine di fusione. Mutagenesi. Il DNA ricombinante nell’industria agroalimentare.



Testi di riferimento

1) Biochimica e biologia molecolare: Principi e Tecniche, Wilson K., Walker J., ed. Raffaello Cortina (sesta edizione).

2) Rao R., Leone A., Biotecnologie e genomica delle piante, Idelson-Gnocchi ed.


Altro materiale didattico

Le slides del corso saranno diasponibili su Studium​. Materiale suppletivo sarà consegnato dal docente



Programmazione del corso

 *ArgomentiRiferimenti testi
1*Generalità su struttura e funzione degli acidi nucleici, replicazione del DNA, le classi di RNA, la sintesi proteica.Testo 1: cap 5 Testo 2: cap 1  
2*Le proprietà fisico-chimiche delle basi azotate dei nucleotidi: distribuzione elettronica ed assorbimento della luce; denaturazione e rinaturazione degli acidi nucleici; calcolo del Tm; influenza della composizione in basi e della forza ionica sul TmTesto 1: cap 5  
3*Gli enzimi impiegati nella tecnologia del DNA ricombinante: un’overview. Endonucleasi di restrizione, DNA ligasi, DNA polimerasi (I, II, III, IV e V), frammento di Klenow, trascrittasi inversa, fosfatasi alcalina, trasferasi terminale, metilasiTesto 1: cap 5  
4*Isolamento e separazione degli acidi nucleici: Isolamento del DNA da organismi procarioti ed eucarioti. Isolamento dell’RNA totale e purificazione dell’mRNA tramite cromatografia di affinitàTesto 1: cap 5 
5*Vettori per il clonaggio genico: plasmidi, fagi, cosmidi, vettori BAC e YAC La trasformazione batterica e la selezione dei batteri ricombinanti: selezione con doppio antibiotico ed alfa-complementazione Testo 1: cap 6  
6*Elettroforesi degli acidi nucleici in gel di agarosio e di poliacrilamide Testo 1: cap 5-6-10 
7*Marcatura di sonde geniche con metodologie alternative al 32P: sistema biotina-streptavidina, marcatura con digossigenina. Enzimi reporter: fosfatasi alcalina e perossidasi di rafanoTesto 1: cap 14-5-7 
8*La polymerase chain reaction PCR: principio ed applicazioni. Disegn di primers, allestimento di una reazione di PCR; Analisi dei prodotti di PCR su gel di agarosio. La RT -PCR. La PCR quantitativa: real time PCRTesto 1: cap 5 Testo 2: cap 2 
9*Southern e Northern blots, dot blots, trasferimento di DNA da placche di lisi fagica. Costruzione e screening di librerie. Isolamento ed identificazione di geni clonati. Cenni sull’utilizzo dei tools bioinformatici di NCBI (ORF finder, BLAST)Testo 1: cap 5 Testo 2: cap 2  
10*I metodi di sequenziamento del DNA: il metodo dei dideossiribonucleotidi (Sanger), il pirosequenziamento. PCR in emulsione, Bridge PCR. Le piattaforme di Next Generation Sequencing Testo 1: cap. 5 Testo 2: cap 2  
11*L’uso del microarray in studi di genomica funzionale e strutturale. L’analisi globale del trascrittoma: RNAseq. Metodi di arricchimento: la ibridizzazione soppressiva sottrativa (SSH) e la microdissezione laser.Testo 1: cap. 5-6 Testo 2: cap 2  
12*La produzione di proteine da geni clonati: vettori di espressione Produzione di proteine di fusione (GST-tag, His-tag). La mutagenesi sito-diretta Testo 1: cap. 6-8 Testo 2: cap 2  
13 Marcatori molecolari: definizione e classificazione. Cenni sui marcatori RFLP, SSR, RAPD, e SNP.Testo 2: cap 2  
14*Elettroforesi delle proteine in gel di poliacrilamide. La separazione delle proteine in base al loro punto isoelettrico: isoelectrofocusing (IEF). Elettroforesi delle proteine bidimensionale: analisi del proteoma, MALDI-TOF. ProteomicaTesto 1: cap. 6-8 Testo 2: cap 2  
* Conoscenze minime irrinunciabili per il superamento dell'esame.

N.B. La conoscenza degli argomenti contrassegnati con l'asterisco è condizione necessaria ma non sufficiente per il superamento dell'esame. Rispondere in maniera sufficiente o anche più che sufficiente alle domande su tali argomenti non assicura, pertanto, il superamento dell'esame.


Verifica dell'apprendimento


MODALITÀ DI VERIFICA DELL'APPRENDIMENTO

L’esame è scritto.


PROVE IN ITINERE

Non sono previste prove in itinere


PROVE DI FINE CORSO

L’esame è scritto e comprende sei quesiti di cui due a risposta aperta, due con risposte a multiscelta, due quesiti legati all'individuazione e descrizione della tecnica adatta alla risoluzione di un problema sperimentale.


ESEMPI DI DOMANDE E/O ESERCIZI FREQUENTI

1. Descrivere una delle tecniche riportate in programma; 2. Disegnare i primers che consentono l'amplificazione di un DNA target; 3. Identificare i frammenti di DNA derivanti da un esperimento di digestione enzimatica con enzimi di restrizione.




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