ABILITA' INFORMATICHE

2 CFU - 2° semestre

Docente titolare dell'insegnamento

ALFREDO PULVIRENTI
Email: apulvirenti@dmi.unict.it
Edificio / Indirizzo: Stanza 35, Terzo Blocco Dipartimento di Matematica e Informatica.
Telefono: 095-7383087
Orario ricevimento: Martedi' 10-11.


Obiettivi formativi

Obiettivo del corso è l’acquisizione di metodi per l’analisi di sequenze e strutture biologiche e per la ricerca in database biologici (es. geni, sequenze, domini funzionali). Partendo da sequenze primarie di acidi nucleici o proteine è possibile ipotizzarne la funzione, la storia evolutiva e la struttura. Gli strumenti utilizzati per raggiungere questi obiettivi sono i database pubblici e i programmi di analisi e visualizzazione.

  1. Conoscenza e capacità di comprensione (knowledge and understanding): Gli studenti acquisiranno una conoscenza sui metodi per l’analisi di sequenze biologiche e per la ricerca in database biologici. In particolare approfondiranno la ricerca su database di sequenze, di domini, ed una buona familiarità con i database pubblici e i programmi di analisi e visualizzazione. Infine gli studenti potranno acquisire gli strumenti di base per l'analisi del trascrittoma.
  2. Capacità di applicare conoscenza e comprensione (applying knowledge and understanding): identificare gli strumenti idonei per manipolare i dati ed estrare la conoscenza sottostante; risolvere problemi attraverso l'uso di software opportuni in ambito bioinformatico.
  3. Autonomia di giudizio (making judgements): Attraverso le esercitazioni guidate, gli studenti acquisiranno le competenze di base necessarie per affrontare l'analisi di nuove sequenze biologiche, ipotizzandone la funzione, studiare il trascrittoma.
  4. Abilità comunicative (communication skills): lo studente acquisirà le necessarie abilità comunicative e di appropriatezza espressiva nell'impiego del linguaggio tecnico nell'ambito generale dell’analisi dei dati biologici.
  5. Capacità di apprendimento (learning skills): il corso si propone, come obiettivo, di fornire allo studente le necessarie metodologie di base teoriche e pratiche per poter affrontare e risolvere autonomamente problemi nell’ambito dell’analisi dei dati biologici.

Modalità di svolgimento dell'insegnamento

lezioni frontali


Prerequisiti richiesti

Nessuno.



Frequenza lezioni

Frequenza obbligatoria



Contenuti del corso

Il corso è organizzato in lezioni che prevedono una base teorica affiancata a esercitazioni i per l’apprendimento dell’uso di programmi di analisi e visualizzazione dei risultati.

PROGRAMMA

  1. Introduzione
  2. Allineamento Pairwise e Multiplo
  3. Banche Dati Biologiche: Banche Dati Generali, Banche Dati Speciali
  4. Strumenti per l'analisi del Trascrittoma: Microarray, Next Generation Sequencing, Analisi del trascrittoma: Biomarcatori


Testi di riferimento

Libri di testo


Altro materiale didattico

Sul portale studium.unict.it saranno forniti i lucidi delle lezioni.



Programmazione del corso

 ArgomentiRiferimenti testi
1Introduzione alla bioinformatica: tipi di dati, problemi, strumenti.materiale didattico fornito dal docente 
2Sequenze, ricerca tramite BLAST, allineamento pairwise e multiplo. Algoritmi.materiale didattico fornito dal docente 
3Attività pratica su allineamento di sequenzemateriale didattico fornito dal docente 
4Banche dati biologiche presenti sul sistema dell'NCBI: nucleotide, protein, OMIM, PUBMED, GENE, SNPmateriale didattico fornito dal docente 
5Attività pratica su banche dati 
6Banca dati UNiPROTmateriale didattico fornito dal docente 
7Attività pratica su uniprot 


Verifica dell'apprendimento


MODALITÀ DI VERIFICA DELL'APPRENDIMENTO

L'esame finale consiste in una prova scritta ed un colloquio orale.

La prova scritta è costituita da esercizi e domande di teoria.

Chi non supera la prova scritta, non può sostenere l'orale. La prova scritta può essere visionata prima delle prove orali.

Salvo diversa comunicazione:

Note:


ESEMPI DI DOMANDE E/O ESERCIZI FREQUENTI

Durante il corso saranno forniti diversi esercizi risolti che verranno pubblicati sul portale studium.unict.it




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